Kenapa Whole Genome Sequencing Bisa Deteksi Varian Omicron? Begini Beda Cara Kerjanya dengan Tes PCR

Suara.com - Juru bicara Satgas Covid-19 pemerintah Prof. Wiku Adisasmito mengatakan bahwa alat tes PCR masih efektif digunakan untuk mengonfirmasi infeksi virus corona varian apapun, termasuk varian Omicron.

"Kembali saya tegaskan bahwa sampai saat ini PCR yang beredar masih efektif untuk mendeteksi orang yang positif Covid-19. Hal ini tentunya tidak terlepas dari cara kerja PCR, yaitu dengan mendeteksi materi genetik virus," kaya Wiku dikutip dari situs resmi Covid-19 pemerintah, Kamis (3/2/2022).

Namun, untuk mengetahui jenis varian virus corona yang menginfeksi, diperlukan tes tambahan dengan whole genome sequencing (WGS). Wiku mengatakan bahwa cara kerja kedua alat tersebut berbeda, meski sama-sama bisa mendeteksi virus corona SARS Cov-2.

"Metode PCR bekerja dengan mencocokkan gen target PCR dengan kode genetik virus. Kode genetik virus ini ada yang mudah berubah, seperti gen S yang menjadi spike atau tangan-tangan virus. Sedangkan gen yang cenderung tetap misalnya gen E dan N," tutur Wiku.

Hasil tes PCR dapat terdiri dari satu atau lebih gen target. Namun, untuk PCR yang hanya memiliki 1 target gen S saja, kini sudah tidak direkomendasikan oleh Organisasi Kesehatan Dunia (WHO). Karena, gen S virus sangat mudah berubah.

WHO saat ini hanya merekomentasi alat tes PCR dengan kemampuan lebih dari 1 target dengan target gen yang cenderung tetap.

Pada kasus varian Omicron, lanjut Wiku, dibutuhkan upaya lanjutan menggunakan metode WGS dalam menentukan varian. Alasannya karena varian tersebut mengalami perubahan pada gen S yang sangat besar.

"Sehingga dengan PCR yang beredar saat ini tidak dapat mendeteksi gen S pada varian Omicron. Jika menggunakan PCR dengan lebih dari 1 target gen pada Omicron, maka hasil yang dimunculkan adalah gen S tidak terdeteksi, sementara gen lain terdeteksi," paparnya.

Lebih jelasnya, hasil tes PCR dengan target gen S, N, dan E, hanya gen S yang tidak akan terdeteksi. Hasil tes seperti itu yang disebut sebagai S gene target failure (SGTF).

Baca Juga: Masa Karantina untuk Pelaku Perjalanan Luar Negeri Kini Hanya 5 Hari

PCR juga tidak dapat mengenali keseluruhan kode genetik virus satu per satu. Sehingga, PCR juga tidak dapat mengenali atau membedakan varian virus. Oleh sebab itu, hasil SGTF pada PCR tidak dapat menjadi kesimpulan identifikasi suatu varian. Oleh sebab itu, dibutuhkan upaya melalui metode pengujian WGS.

Wiku menyampaikan bahwa cara kerja WGS berbeda dengan PCR. Alat tes PCR hanya dapat mengenali gen yang menjadi targetnya saja, sedangkan WGS mengurutkan kode genetik virus satu per satu secara keseluruhan dari awal hingga akhir.

"Melalui kode genetik utuh tersebut, varian dapat dikenali dan dibedakan," ujarnya.

Di sisi lain, saat ini sudah muncul mutasi baru dari varian Omicron yang disebut sebagai BA.2. Omicron BA.2 bukanlah varian baru dan masih masuk sebagai varian Omicron. Selain BA.2 terdapat 3 jenis varian Omicron lainnya yaitu B.1.1.529, BA.1, dan BA.3.

Wiku menjelaskan bahwa perbedaan berbagai jenis varian Omicron itu adanya perubahan yang terjadi pada gen S virus. Miasalnya, pada Omicron BA.2 tidak terjadi perubahan gen S.

Sehingga, gen S pada BA.2 masih terdeteksi dengan PCR dan tidak memunculkan hasil SGTF. Dengan kata lain, hasil PCR Omicron BA.2 sama dengan varian lainnya meskipun termasuk jenis mutasi Omicron.